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轉錄組測序RNA-seq

 
       轉錄組測序是基于HiSeq平臺對任何有參考基因的物種的所有mRNA進行測序,通過測序分析可以發現不同樣本表達差異,發現新的剪切體。我們提供從測序到分析一站式服務,分析結果可通過CLRNASeqTM 軟件展示。通過軟件您可以進行任何您感興趣的樣本間的表達差異分析、聚類以及新陳代謝途徑的差異表達分析。同時,您還可以從我們的EzRNASeq數據庫下載您感興趣的物種序列進行比較分析。
工作流程
 

樣本提取                文庫構建                  上機測序                         生信分析生成報告

 

技術參數
 

樣本要求



案例分析:
A Vanillin Derivative Causes Mitochondrial Dysfunction and Triggers Oxidative Stress in Cryptococcus neoformans
一種香草精衍生物引起新型隱球菌線粒體功能紊亂并觸發氧化應激反應

摘要:

       香草精是一種常見的食品和化妝品添加劑,被認為對真菌具有抑菌活性。筆者通過研究香草精及其33種衍生物對人類致病菌新型隱球菌的抑菌性能,發現抑菌活性與香草精衍生物的結構相關。羥基和烷氧基修飾的衍生物對新型隱球菌有良好的殺菌效果,其中o-vanillin抗菌效果最佳。我們通過對新型隱球菌o-vanillin處理組和未處理組進行RNA水平測序,GO富集分析發現o-vanillin會引起線粒體功能紊亂。而o-vanillin和抗菌機制也被實驗證明,是通過顯著降低線粒體功能和氧化應激反應相關基因的表達來實現。

 

 

o-Vanillin causes differential expression of the genes involved in respiration.
參考文獻:Jin Hyo Kim et al .A Vanillin Derivative Causes Mitochondrial Dysfunction and Triggers Oxidative Stress in Cryptococcus neoformans PLoS One. 2014 Feb 20;9(2):#e89122. doi: 10.1371/journal.pone.0089122. eCollection 2014.

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